元世祖建立元朝后，有意立真金为太子，定传子之局，可惜真金早死而使继承问题又浮现。元朝而后常因皇太子早死或兄弟争位而动荡不安，中期又有武仁之约的协定，武宗系与仁宗系交替继承皇位，然而又因元仁宗废除协定而再度混乱。元朝的继承问题直到元惠宗方稳定，但也进入元朝末期。

一省两院

元朝政治制度与金朝一样承袭宋朝制度，采取文武分权的制度，以中书省总理政务，枢密院掌管兵权。然而元朝的中书省已成为中央最高行政机关，元朝不设置门下省，尚书省时设时不设，仅元世祖时期与元武宗时期有设置，所以门下省与尚书省的权力皆交给中书省。

中书省统领六部，主持全国政务，形成明清内阁制的先驱。其组织架构继承南宋体制，宰相的称呼共有中书令、司统率百官与总理政务等，常以皇太子兼任。下分左右丞相，中书令缺则总领中书事务。平章政事又居次，凡军国重事，无不参决。副相方面有左右丞、参政等。六部共有吏部、户部、礼部、兵部、刑部与工部，内有尚书、侍郎。尚书省主要负责财政事务，不过时置时废。

枢密院执掌军事，御史台负责督察，与宋朝制度大致相同，然而在地方设有行中书省、行枢密院与行御史台。此外又有掌管学校的集贤院、掌管御膳的宣徽院、掌管驿传的通政院，其他还有太常礼仪院、太史院、太医院与将作院，略前代的九寺诸监。最后新成立的是宣政院(初名总制院)，负责佛教及吐蕃(今西藏)地区军政事务，这是前代所没有的。

选官制度

在人才选用方面，元朝前期极少举办科举，因此高级官僚的录用端看与元廷关系远近而决定，主要采取世袭、恩荫与推举制的方式。此外尚有循胥吏(小公务员)升进为官僚的方式，这与宋朝制度大异。宋朝官与吏的界限分明，胥吏大多以胥吏为终，然而元朝因为缺乏科举取才，就以推举或考试胥吏的方式晋升为官，这打破官吏屏障，使官吏成为上下的关系。科举选材方面，窝阔台汗听从耶律楚材建议，召集名儒讲经于东宫，率大臣子弟听讲。又置“编修所“于燕京，“经籍所“于平阳，倡导学习汉族古代文化，又在1234年设“经书国子学“，以冯志常为总教习，命侍臣子弟18人入学，学习汉文化。并且于1238年以术忽德和刘中举办戊戌选试，此次科举取士录取4030人，并且建立儒户以保护士大夫。但最后仍废除科举，改采推举制度，往后于1252年与1276年两次共入选3890儒户。元世祖忽必烈即位后，正式设立了国子学，以河南许衡为集贤大学士兼国子祭酒，亲择蒙古子弟使教之，遍学儒家经典文史，培养统治人才。1289年元世祖下诏等级江南人口户籍，次年正式施行推举制度，此次等级成为后来户计的依据。直到1313年，提倡汉化运动的元仁宗下诏恢复科举，1314年八月在全国的17处考场，举行乡试，1315年二月和三月相继在大都举行会试和殿试(廷试)，因为是在延佑年间举行的，史称“延佑复科“，本次科举以程朱理学为考试的内容。元朝前后共举行过16次，选举蒙古、色目、汉人、南人进士约1100余人。然而为了保障蒙古人与色目人，汉族的考试偏难，并且只能获得一半的名额，这也让蒙古与色目子弟失去了学习汉族文化的积极性和进取精神。虽然这是聊胜于无的科举，但在形式上已经恢复，汉族士大夫莫不对元廷忠心耿耿。在元朝灭亡之际，舍身殉国的就有很多是科举出身者，可见科举复办对怀柔汉族士大夫有一定效果。

货币制度与赋役

元朝为了加强对经济的统制，以使用纸币为主，铸造钱币比其他朝代为少。1260年元世祖发行了以丝为本位的交钞与以白银或金为本位的中统钞(中统钞没有设定流通期限)，钞币持有者可以按照法令比价兑换银或金，虽然其后曾一度废除，但持续使用到元朝末期，成为元朝货币的核心的纸币。全国各路都设有兑换的机关--“平准库“。兑换基金充足，准许兑现，兑换的时候征收两到三分的手续费(工墨钞)。1276年由于元廷大肆搜括，增发纸币，并将各路准备金银运往大都，引起物价上涨，纸钞贬值。1280年，纸币贬值成为原来的十分之一。1287年物价已经“相去几十余倍“了。为了稳定物价，元廷发行“至元宝钞“和中统钞并行。1350年元惠宗又发行“至正交钞“，发行不久，贬值严重，物价暴涨。事实上，民间的日常交易、借贷、商品标价等多有用银的。这时使用的白银，主要是银锭和元宝。

关于元朝的田赋，《元史·食货志一》说:“元之取民，大率以唐为法。其取于内郡者曰丁税，曰地税，此仿唐之租庸调也;取于江南者曰秋税，曰夏税，此仿唐之两税也。“这段话虽然并不确切，但至少说明了南北田赋制度的差异。中原田赋的征收大概始于耶律楚材辅政以后。在这之前蒙古帝国根本没有赋税之制。元朝行于江南的田赋制度基本上沿用了宋代的两税制。元朝人民还有一项很沉重的财政负担，即科差，是徭役向赋税转化的一种形式。

民族制度

推行汉法与抵制汉法

元朝在推行汉人的典章制度与维护蒙古旧法之间，时常发生冲突，并且分裂成守旧派与崇汉派。早在元太祖成吉思汗攻占汉地后，有赖耶律楚材与木华黎推行汉法以维护其典章制度。当时近臣别迭建议将汉人驱赶并把中原变成大牧场以收取财富，遭到耶律楚材的反对，他认为可用征税的方式获得财富，因此保留了汉地的典章制度。他积极改变蒙古军以往“凡攻城邑，敌以矢石相加者，即为拒命，既克，必杀之。“的作风，努力兴科祟儒、整顿吏治，实为汉法推行之祖。木华黎为了便于管理汉地，也于汉族四大世侯合作，逐渐巩固了对河北、山西等地的治理。

后来管理汉地的元世祖忽必烈也积极推动汉法，任用了大批汉族幕僚和儒士等创设典章制度，如刘秉忠、许衡和姚枢等，并提出了“行汉法“的主张。积极推动了学习汉文的热潮。如元世祖就非常熟悉汉文典籍、礼仪制度，并能用汉文创作诗歌，并且还以法律的形式规定，太子必须学习汉文。接受儒士元好问和张德辉提议的“儒教大宗师“称号。忽必烈最后在大都建元称帝，创建中国式的元朝，建立了一套以传统中国中央集权作蓝本的政治体制，例如设立了三省六部和司农司等一系列专司机构，使用中原的统治机构来统治人民，任刘秉忠等人的规划建立首都大都。然而，元世祖在李璮叛乱后逐渐不任用汉人。由于四大汗国以及守旧派蒙古王室都不满元世祖行汉法的举动而叛变或疏远之。元世祖晚年也渐与儒臣疏远，任用阿合马、卢世荣与桑哥等色目人与汉人为首的理财派，汉法最后未成为一套完整的体系。后来的元仁宗、元英宗、元文宗与元惠宗等人更是可以纯熟地运用汉文进行创作。一些入居中原的蒙古贵族，羡慕汉文化，还请了儒生当家庭教师教育子女。为了学习方便还翻译了许多汉文典籍，诸如《通鉴节要》、《论语》、《孟子》、《大学》、《中庸》、《周礼》、《春秋》、《孝经》等。但崇汉派与守旧派时常发生冲突与政变，例如南坡之变等。

四等人制

另外，随着民族关系日益密切，往来与杂居也相当普遍。从蒙金战争时期就陆续有大批汉人被迁往蒙古草原以及天山南北、辽阳等处行中书省与云南等处行中书省各地;蒙古与色目官员、军户、商人等也大量移居中原内地;云南地区居住的蒙古人约十万人左右;大都、上都等政治城市及杭州、泉州、镇江等商业城市都居住许多蒙古人、维吾尔人、***、党项人、女真人与契丹人等，这对民族之间经济文化的交流，是十分有帮助的。由于蒙古人与汉人人数的比例极不平均，汉人的文化与典章制度也比蒙古人优越。元廷为了保护蒙古人地位，主张蒙古至上主义，推行蒙古人、***(包括西域各族和西夏人)、汉人(原金朝统治下的汉人)、南人(南宋统治下的汉人)等四个阶级的制度。元廷给蒙古人与色目人极大的权利，并让汉人与南人负担较大的赋税与劳役，民族压迫和阶级压迫十分沉重。学术界迄今并没有发现元代有把臣民明确划分为四等的专门法令，但这种划分却反映在一系列不平等的政策和规定中。为了防止汉人聚集叛变，元廷规定汉人不许结社、集会、集体拜神，禁止汉人私藏兵器，蒙古人被汉人打死需要偿命，而蒙古人因争或乘醉打死汉人只需“断罚出征，并全征烧埋银“。汉人如当兵则不许充宿卫，如当官也往往只能做副贰(虽然实际上存在很多例外情况)，这些法律规范对于汉族人均不平等。然而仍任用不少汉人为官、例如史天泽、贺惟一等等。